İtiraz üzerine, birinci tahlilin yapıldığı gümrük laboratuarında görevli olan ve ilk tahlili yapan kimyager dışındaki iki kimyager tarafından ikinci tahlil yapılır. Yükümlünün talebi halinde, gümrük idareleri, gümrük kimyageri olmayan bir gözlemci kimyagerin de ikinci tahlilde hazır bulunmasına izin verirler.
Üç kimyagerden fazla kimyager bulunmayan gümrük laboratuarında yapılan tahlile itiraz edilmesi halinde, ikinci tahlil enaz iki kimyager bulunan en yakın gümrük idaresine ait laboratuarda yaptırılır.
İkinci tahlil isteyenlerden, haklı çıktıkları takdirde geri verilmek üzere, tahlil masrafı alınır. Tahlil tarifeleri ilgili kuruluşların görüşleri alınmak suretiyle Müsteşarlığın bağlı olduğu Bakanlıkça belirlenir.