Bilindiği üzere Katma Değer Vergisi Kanununun 46 ncı maddesine 3099 sayılı Kanunun 4 üncü maddesiyle eklenen 6 ncı fıkra hükmü gereğince, Devlet Planlama Teşkilatı Müsteşarlığı tarafından verilen teşvik belgeler5nde gösterilen yatırım mallarının ithalinde ödenmesi gereken katma değer vergisi, bu verginin fiilen indirilmesinin mümkün olacağı tarihe kadar ertelenmektedir.
Buna göre ve 9 seri no.lu Katma Değer Vergisi Genel Tebliğinde açıklandığı üzere, mükelleflerce, yatırımın gerçekleştiği tarihten sonra mal teslimleri ve hizmet ifaları dolayısıyla vergi dairesine beyan edilip ödenen katma değer vergisi toplamı yatırım mallarının ithalinde ertelenen katma değer vergisi toplamına ulaştığında, söz konusu tecil tutarında katma değer vergisi ödendiğine ilişkin vergi dairesinden alınacak yazı ilgili Gümrük İdaresine ibraz edilmekte ve Gümrük İdaresince de daha önce yatırım mallarının ithalinde ertelenen katma değer vergisi terkin edilmektedir.
Ancak faaliyetleri tam istisna kapsamına giren mükelleflerin vergi ödemeleri söz konusu olmadığından, bunların teminatları, ilgili dönem beyannamelerinde tam istisna kapsamına giren işlemler bölümünde beyan edilen bedellerin %10'undan, aynı beyannamelerde varsa "iadesi gereken vergi" tutarlarının düşülmesi sonucu kalan miktarların toplamı gümrükte ertelenen vergi tutarına ulaşınca vergi dairesinden alınacak yazı ile ilgili Gümrük İdaresine başvurularak teminat çözülecektir.
Tam istisna kapsamına giren işlemler yanında vergiye tabi faaliyetleri de bulunan ve bu faaliyetlerin ağırlığına bağlı olarak herhangi bir beyan döneminde vergi dairesine vergi ödemek durumunda olan mükellefler, ödedikleri bu vergileri teminatın çözülmesi ile ilgili hesaplamaya dahil edeceklerdir. Bu beyannamelerde teminatın çözülmesine ilişkin hesaplamaya, "ödenmesi gereken vergi" ile tam istisna kapsamına giren işlemlere ait bedellerin % 10'u olarak bulunan tutarlar birlikte dahil olacaktır.
Öte yandan, yukarıda sözü edilen 9 Seri No.lu Katma Değer Vergisi Genel Tebliğinin 3 üncü bölümünün (c) paragrafında teminatın, "yatırımın gerçekleştiği tarihten sonra" mal teslimi ve hizmet ifaları nedeniyle ödenen vergiler toplamına bağlı olarak çözüleceği ifade edilmiştir. Uygulama aynı esaslar dahilinde devam edecektir.
Söz konusu 46 ncı maddenin 6 ncı fıkra hükmünün uygulamasından sadece gerçek usulde katma değer vergisi mükellefleri yararlanabileceklerdir. Buna göre, Devlet Planlama Teşkilatı Müsteşarlığı tarafından teşvik belgesi verilmiş olsa dahi, katma değer vergisi mükellefi olmayan kişi ve kuruluşların yurt içindeki faaliyetleri nedeniyle katma değer vergisi hesaplamaları ve dolayısıyla indirim konusu yapmaları söz konusu olmadığından, bu kişi ve kuruluşların yatırım malları ithalatının bahsi geçen Kanunun 46/6. maddesi kapsamında mütalaa edilemeyeceği için bu malların ithalinde ödenmesi gereken katma değer vergisinin söz konusu hükme istinaden ertelenmesi mümkün değildir.
Öte yandan, teşvikli malların ithalinde ertelenen katma değer vergisi dolayısıyla verilen teminatın çözülmesi için, Vergi dairelerine yapılacak başvurularda, Devlet Planlama Teşkilatı Müsteşarlığı tarafından verilen Teşvik Belgesi ve yatırım mallarını gösterir çeki listesi ile Gümrük İdarelerince verilen ayniyat makbuzunun birer örneği eklenecektir. Ayrıca her bir Gümrük İdaresince ertelenen katma değer vergisi tutarları ve çözdürülmesi istenen teminat miktarı ile, ilgili Gümrük İdarelerinin bildirilmesi gerekmektedir. Vergi dairelerince de bu konuda yukarıda bahsedilen hususlar çerçevesinde verilecek uygunluk yazısı, yatırımcının teminat tutarları gözönüne alınarak Gümrük İdarelerine hitaben yazılacaktır.